Wer neben dem FEES-Zertifikat noch weitere Anforderungen erfüllt, kann das Zertifikat als Ausbilder bekommen. Die Anforderungen sind für Ärzte und Therapeuten unterschiedlich, liegen aber im Bereich der Erfahrung und in der Kompetenz als Ausbilder. 

Therapeuten benötigen neben einer bestimmten Anzahl an durchgeführten FEES eine ausreichend lange Berufserfahrung im klinischen Umfeld und in der Behandlung schluckgestörter Patienten. Ärzte müssen einen Facharzt vorweisen können. 

Die Ausbilder stellen sicher, dass zukünftige Diagnostiker eine fundierte, praktische Ausbildung bekommen. Die Untersuchungen auf dem Weg zum Zertifikat müssen supervidiert werden. Das gilt für alle Berufsgruppen, was durchaus zu einem Arzt in der Ausbildung bei einem Logopäden führen kann. Aus therapeutischer Sicht eine spannende Konstellation und aus Sicht der Neurologen schlimmstenfalls ungewohnt. Schließlich gehören Neurologen zu den Ärzten, die die meisten Erfahrungen im interdisziplinären Team mit nichtärztlichen Fachleuten haben. 

Die zentrale Stelle für künftige FEES-Zertifikate ist die Arbeitsgruppe FEES innerhalb der DGN. Geplante FEES-Basiskurse müssen bei ihr zur Akkreditierung eingereicht werden. Hier wird auch über den Erhalt der Zertifikate entschieden. Wer also eine akkreditierte Basisausbildung abgeschlossen hat und die insgesamt 60 supervidierten Untersuchungen nachweisen kann, bekommt dort sein FEES-Zertifikat. Dazu bietet es sich an, ein FEES-Buch zu führen.